En la corbeta estaba de guardia el Teniente 1° Luis Uribe Orrego, Segundo Comandante de la nave, quien dispuso que se le avisara de inmediato al Comandante Prat, quien al subir a cubierta, ordenó levar el anclote, tocar “generala” y acercarse a la “Covadonga” para conferenciar.

Como si el destino quisiera dejar imborrablemente marcado este día para las Glorias de Chile, en Iquique se reunieron cinco buques con cuyas iniciales se formó la palabra CHILE: “Covadonga”, “Huáscar”, “Independencia”, “Lamar” y “Esmeralda”.

En el “Huáscar” al avistarse los buques chilenos, se izó una gran bandera de combate, lo que se imitó en la “Independencia”. El Comandante Grau reunió su gente y pronunció la siguiente arenga: “Tripulantes del Huáscar: Ha llegado la hora de castigar al enemigo de la Patria y espero que lo sabréis hacer cosechando nuevos laureles y nuevas glorias dignas de brillar al lado de Junín, Ayacucho, Abtao y 2 de Mayo ¡Viva el Perú!”

El Comandante Prat rápidamente se vistió para el combate, ciñéndose la espada al cinto y subiendo a cubierta ordenando al contador Juan Oscar Goñi que arrojara al mar, en un saco, la correspondencia para la Escuadra, para asegurar que no cayera en manos enemigas. Ordenó izar las señales “reforzar las cargas”, “venir al habla” y “seguir mis aguas”. La población de Iquique, despertada por el cañonazo de aviso de la “Covadonga”, presa de la mayor euforia, corría por la playa para presenciar la captura de los buques chilenos.

Mientras la “Esmeralda” viraba hacia tierra, Prat ordenó tocar “atención” y arengó a su tripulación:

“Muchachos: La contienda es desigual, pero, ánimo y valor. Nunca se ha arriado nuestra bandera ante el enemigo y espero que no sea ésta la ocasión de hacerlo. Por mi parte, os aseguro, que mientras yo viva, esa bandera flameará en su lugar y si yo muero, mis oficiales sabrán cumplir con su deber”.

Luego, sacándose la gorra, la batió en el aire gritando “¡Viva Chile!”, lo que la tripulación respondió con gritos similares.

La situación para la “Esmeralda” se tornó insostenible, por lo que el comandante Prat decidió resolvió dejar su ventajosa posición inicial, navegando lentamente hacia el norte, dado el mal estado de sus máquinas. Con esto, la “Esmeralda” quedó vulnerable a un ataque del blindado peruano mediante el espolón, una prolongación de la proa de los buques acorazados que les permitía embestir al buque adversario, provocando una gran avería bajo la línea de flotación. Era un arma letal, especialmente contra buques de casco de madera, como era la “Esmeralda”.

El Comandante Prat al ver a sus pies el castillo del “Huáscar” gritó: “¡Al abordaje muchachos!”, lo que sólo fue oído en medio del estruendo, por el Sargento Juan de Dios Aldea Fonseca, que lo acompañó en su salto a la cubierta del buque enemigo. Otras versiones indican que Prat fue acompañado por un tercer tripulante que sería el Marinero Luis Ugarte.

El Comandante Grau, previendo el peligro que su buque fuera abordado por los tripulantes de la “Esmeralda”, se retiró rápidamente, no dando oportunidad para que el resto de la tripulación siguiera a su Comandante. El Sargento Aldea cayó acribillado en el castillo de la nave peruana, mientras el Comandante Prat llegó cerca de la torre blindada de mando, donde fue alcanzado por un disparo que lo hizo caer de rodillas, recibiendo posteriormente un balazo en la frente que le produjo la muerte de manera instantánea.